Агенты - это визуальное представление программ, которые помогают обслуживать Матрицу. Их назначение - выполнять надзорные функции , выявлять людей не принимающих Матрицу , а так же ликвидировать различные ошибки возникающие в процессе работы Матрицы. Агенты интеллектуальны - это видно из того, что Агент Смит говорит Морфеусу, что он "ненавидит это место". Агенты самостоятельны, но в итоге зависимы от Матрицы и они являются компьютерными программами, которые проживают в пределах Матрицы. Агентов можно сравнить с антивирусными программами , которые вынуждени заниматся только поиском вирусов .

Агенты имеют более высокий контроль над Матрицей, чтобы позволить им легче и быстрее справлятся со своими обязанностями, поэтому они могут обходить некоторые правила Матрицы - например уклонятся от пуль , совершать длинные прыжки и другое. Агенты вероятно не видят Матрицу как обычные люди, но вероятно видят её в кодовом представлении . Поэтому они способны увидеть полёт пуль, так как в компьютерном времени пули достаточно медлительны и Агенты имеют более чем достаточно времени, чтобы избежать их.

Агенты не буквально внедрялись в тела людей, когда вы видели, что они изменились. Агенты занимали управление кодами этих людей в Матрице.

Однажды идентифицировав Нео и Морфеуса теперь часть вычислительной мощности некоторых компьютеров составляющих Матрицу теперь заняты их прослеживанием. Это они производили путём просмотра визуальной информации обычных для Матрицы людей (коды которых небыли снабжен специальными программными блоками для защиты от сканирования ). Агенты вероятно способны делать это только в течение коротких периодов времени, потому что для этого требуется огромная вычислительная мощьность, так как этот тип поиска ведётся через множества людей, которые находятся в пределах предпологаемой области местанахождения Нео и Морфеуса.