Две вещи случились , когда Нео брал красную пилюлю, врученную ему Морфеусом. Как Вы можете помнить , Морфеус сказал , что пилюля это часть программы , которая помогает определять идентификационный номер подключенного так что они могли точно определять его местоположение. Это было местоположение ячейки в который Нео находился в реальности. Узнав местоположения его ячейки, Морфеус с командой скоростного корабля переместились в нужную области располаженную под ячейкой и ожидали прибытия Нео.

Другая вещь состоит в том, что Морфеус не мог выидти на поверхность и освободить Нео, потому что это могло убить его . Цель красной пилюли - сделать Нео "ничего не стоящим" для матрицы. При взятии красной пилюли она изменила код Нео, который он имел , находясь в Матрице. Это изменение давало ложный сигналл о том что человек умер в реальной жизни или возможно стал мертвым его мозг . Это сделало его бесполезным для матрицы и она отдаёт команду роботам , контролирующим систему ячеек , на отключение ячейки в которой находился Нео .

Та жидкость , куда попал Нео после отключения , был подобна кислоте пищеварительных соков и разрушает тела подобно пищеварительной системе . В дальнейшем эта жидкость использовалась для поддержания жизни других людей подключенных к матрице . На том уровне где находилась эта жидкость ждал Морфеус, так что они могли достать Нео из неё прежде, чем она переварила его. После освобождения ячейки , где находился Нео , в неё вероятно был немедленно помещен другой человеческий организм .

Так как разум людей так сильно зависим от Матрицы, следовательно возможно изменить воспоминания и вероятно даже внешность до некоторой степени. Взятие синей пилюли не только стерло бы все воспоминания Нео о встрече с Морфеусом, но это также изменило бы его код так, чтобы в будущем он больше не подозревал бы о том , что Матрица существует . За счёт этого он больше не интересовал бы агентов Матрицы, или по крайней мере он был бы для них ничего не стоящим как источник информации о Морфеусе .

Морфеус дал Нео красную пилюлю, которая как он сказал, должна была нарушить сигнал IO Нео, чтобы помочь им проследить его местоположение в ячейках. В этот момент код Нео начал изменятся для подготовки к разъединению связи Матрицы и Нео и более важно что ПРАВИЛА Матрицы будут теперь управлять Нео в слегка изменённой степени.

Относительно восстановившегося зеркала ... , поскольку мы знаем, Нео имеет врождённую способность управлять Матрицей. В прошлом любая способность Нео была подавлена правилами Матрицы. Теперь, поскольку его код начал изменения, освобождаясь от влияния Матрицы, он видит разбитое зеркало, в этот момент он вероятно думает о том, что плохая примета смотреть в разбитое зеркало, и подсознательно желает увидить его целым. Пока неосознанно он только что наложил это желание на Матрицу и потому что правила сдерживают его всё меньше и меньше его талант проявляется и зеркало изменяется к образу в его сознании.